信息科学实验中心下设公共计算机基础实验室、ICT创新基地实验室、学科创新实验室。中心现有建筑面积7000多平方米，设备总值4200余万元。中心主要承担全校公共计算机基础课实验、计算机类专业课程实验以及业余时间面向全校学生的开放性实验等任务。2010年被列为省级实验教学示范中心建设单位。2013年通过验收正式成为省级实验教学示范中心，2014年成功申报“十二五”省级实验教学示范中心重点建设项目，2019年成功申报“十三五”重点建设实验教学示范中心,2023年通过验收正式成为重点实验教学示范中心。
信息科学实验中心秉承以学生为本，知识、能力和素质协调发展的教育理念，坚持以“夯实基础－注重技术－突出应用－促进创新”的实践能力培养为核心的实验教学理念，建立有利于学生实践能力和创新能力培养的“四层次、四类型、两结合”的实验教学体系。同时充分利用中心资源，大力开展实验室开放、科学研究和社会服务，积极发挥中心的示范辐射作用。
信息科学实验教学中心的发展经历了以下三个阶段：
初建阶段（1991～1999年），学校成立微机原理与接口实验室、计算中心、物理实验室。开始承担计算机类专科生的《微机原理与接口》课程的教学实验和课程设计的实践环节教学；计算中心承担全校计算机基础课程的上机任务。为学校计算机系的实验教学和全校非计算机专业的计算机基础教学奠定了很好的基础。物理实验室承担全校的物理实验教学。
发展阶段（2000～2007年），学校升本以来，加大了经费投入，新建了一批公共计算机实验室、物理实验室和一个网络技术实验室。2004年，利用从浙江省财政厅省申请到的200万资金扩建了公共计算机实验室和UNIX实验室。同时，为多渠道筹集资金，进行校企联合共建网络技术实验室模式研究，通过校企合作，由联想网络公司投资130万建立网络技术实验室，创新地将“标准化、实用化、创新化”的网络技术实验室引入到传统的计算机教育体系中，开创了嘉兴学院校企合作共建实验室的先河。2005、2006年物理实验室申请获得财政部专项建设资金资助220万对实验室进行扩建。2007年利用计算机科学与技术专业省重点建设专业经费和学校经费改建了两个计算机专业实验室。2007年，两项教改项目获嘉兴学院第三届教学成果一等奖和三奖。
创新与提升阶段（2008～至今），近两年省市财政支持240万用于网络技术实验室的扩建。学校投入近300万对公共计算机实验室进行改建，并新建了金融数学实验室、学生创新实验室和智能信息处理实验室。同时，在管理体制、实验教学内容与体系、教学手段与方法、考核等方面进行了较大的改革和创新，形成了自己的特色：以学生能力培养为目的，构建实验教学新体系；将实验内容与科研成果、工程实践相结合，增强学生创新意识；以学生为中心，提供自主实验条件，实施开放性实验，培养学生创新能力；建立实验中心网站，充分利用BB电子平台，实现信息网络化管理；自主研发信息化实验教学管理系统、网络化的考核系统和管理系统。
2008年，依托中心平台获得浙江省科技厅240万的重大招标项目：面向轻纺集团企业的生产经营管理集成平台的研发；计算机科学与技术学科获得浙江省自然科学基金1项，市科技计划重点2项；“产学研”结合建设高校专业实验室与运行模式的研究和实践—以嘉兴学院网络技术实验室为例获浙江省高等教育学会重点研究课题；学生获浙江省大学生科研创新(新苗人才计划)1项。
2009年，计算机科学与技术学科获得浙江省自然科学基金2项；《大学计算机公共基础课教学体系改革与实践》和教材《汇编语言程序设计》教改项目均获嘉兴学院第四届教学成果二等奖；《大学数学应用于程序设计和仿真综合训练平台研究》立项为2009年校重点教学改革项目；学生获浙江省大学生科研创新(新苗人才计划)1项。
2010年，计算机实验中心成功申报浙江省级教学实验示范中心，《数据结构》立项为2010年省级精品课程建设项目；学生获浙江省大学生科研创新(新苗人才计划)2项。
2011年，《数据结构-Java语言描述》教材入选浙江省“十一五”重点建设教材；公共基础实验中心老师获2010-2011年浙江省高校实验室工作研究成果奖二等奖1项；《网络远程实验技术研究与系统实现—以嘉兴学院网络技术实验室为例》立项为2011年校重点教学改革项目；学生获第十二届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖1项，浙江省第十二届“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛特等奖1项，浙江省大学生科研创新(新苗人才计划)2项。
2012年，计算机科学与技术学科获得国家自然科学基金面上项目1项和青年科学基金项目1项；浙江省自然科学基金2项；浙江省科技厅公益性技术应用研究计划项目1项；学生获第八届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖1项，浙江省大学生科研创新(新苗人才计划)4项；编写完成基于Windows7+Office 2010的系列教材和实验指导书，建立了“一个网站、一个平台、六个系统”，全面实现信息化管理。
2013年，计算机科学与技术学科获得浙江省自然科学基金项目1项；中心通过验收正式成为省级实验教学示范中心。
2014年成功申报“十二五”省级实验教学示范中心重点建设项目。
2019年成功申报“十三五”省级重点建设实验教学示范中心。
2023年通过验收正式成为重点实验教学示范中心。
